Как изменить НД если оприходованный материал может учесться в затратах по нескольким НД?
Например, материал приобрели для строительства, а можем использовать и для производства.

Корректировка назначений?

Назначение можно выбирать уже при списании материалов в производство.
Но тогда получится при обособлении, что до списания он будет на складе с одним назначением (по которому он был заказан и оприходован), а затем уже по другим.
Обособление по назначениям можно использовать и в жестком варианте и в более мягком.
Если в жестком, то передать в производство можно только после изменения обособления, если оно не совпадает.

Документом каким изменить? Корректировка назначения товаров и там выбрать произвольная корректировка назначений?

(3) это зависит от того, как в настройках в базе указано.
Насколько я понимаю наличие таких настроек, то при жестком варианте передавать можно будет только при совпадении назначения, т.е. без документа корректировки передавать с несовпадающим обособлением будет нельзя. Т.е. склад есть, остаток есть, но обособлением запрещает передачу ТМЦ
Есть случаи, когда просят устанавливать строгое обособление через Назначение.
Но можно обособление использовать только для получения отчетов постфактум - как бы оно есть, но не для оперативного ограничения документов.