Здравствуйте. Подскажите, не могу понять откуда ноги растут. Или руки)))

Конфа УТ 11. Есть запрос.  В нем несколько полей, в числе которых есть поле "Характеристика". В консоли запросов отрабатывает все норм.
А вот в макете СКД что то не так - при отключенной функциональной опции "ИспользоватьХарактеристикиНоменклатуры" поле "Характеристика" пропадает. Зависимость явная: включаю опцию - поле появляется, отключаю - пропадает.
Запрос использует стандартные регистры, где поле "характеристика есть", от данной функциональной опции в запросе ничего не зависит. Приводить его здесь смысла нет, запрос огромный. И консоль запросов проблему не повторяет - там поле при любом раскладе присутствует.

Макет СКД и код выполняется в расширении.

Все верно. СКД отключает поля, при отключенных связанных ФО.
Много раз обсуждалось. И здесь тоже. Можете поискать.