Есть веб-сервис, который работает для сайта (т.е внешний инет) и http сервис для мобильного клиента, который работает внутри сети. Могу ли сделать публикацию http сервиса на другом сервере, так чтобы не сломать основной ?

прошу сильно не пинать, но вроде сам смысл создания сервисов в том и состоит, чтоб их можно было делать разные и получать к ним доступ по разным адресам, на которые обращается клиент

(0) Можешь. Сколько хочешь, столько и делай. В каждой публикации могут быть доступны разные ресурсы: в одной тонкий клиент, в другой http-сервис, в третьей еще один http-сервис.
Мало того, на оном и том же веб-сервере одну базу 1С можно опубликовать под разными алиасами и в каждом алиасе будут доступны разные ресурсы: "в одной тонкий клиент, в другой http-сервис, в третьей еще один http-сервис".