Создана обработка для программного создания и заполнения документа:

&НаКлиенте
Процедура СоздатьДокумент(Команда)
    
    СозданныйДокумент = СоздатьДокументНаСервере();
    ПараметрыФормы = Новый Структура;
    ПараметрыФормы.Вставить("Ключ", СозданныйДокумент);
    
    Форма = ПолучитьФорму("Документ.РеализацияТоваровУслуг.Форма.ФормаДокумента", ПараметрыФормы);
    Форма.ЗаполнитьТоваром();

    ЗаписатьДокументаНаСервере(СозданныйДокумент);

КонецПроцедуры

&НаСервере
Функция СоздатьДокументНаСервере()
    
    ДанныеЗаполнения = Новый Структура ("Дата", ТекущаяДата());
    Документ = Документы.РеализацияТоваровУслуг.СоздатьДокумент();

    Документ.Заполнить(ДанныеЗаполнения);
    Документ.Записать();
    
    Возврат ДокументаАванса.Ссылка;
    
КонецФункции

&НаСервере
Процедура ЗаписатьДокументаНаСервере(СозданныйДокумент)

    ОбрабатываемыйДокумента = СозданныеДокумент.ПолучитьОбъект();
    ОбрабатываемыйДокумента.Записать(РежимЗаписиДокумента.Проведение);
    
КонецПроцедуры

Табличная часть в открытой форме заполняется. но документ проводится с пустой табличной частью.
Как это исправить ?

Наверное, избавиться от создания нового документа в серверной процедуре?

пиши в объект, если на сервере

Возврат ДокументаАванса.Ссылка О_О

(3) Это описка, нужно Возврат Документ;
Обработка отрабатываем. Проблема в сохраненном документе.

(1) А где его создавать ?

Если Вы используете Форма.ЗаполнитьТоваром(), то почему бы Вам не использовать ЗаписатьВФорме()?

Проблема в том, что Форма.ЗаполнитьТоваром(); - это длительная операция.
И пока документ заполняется он записуется и проводится.

(6) Потому что ЗаполнитьТоваром() это процедура формы.

(7) Проблема в том, что Вы не до конца осознаёте насколько открытая Вами форма автономна и независима от Вашего алгоритма :)

(9) Нет моего алгоритма, есть алгоритм формы ЗаполнитьТоваром().
В отрытой форме табличная часть заполняется.

Ёпрст :)
Форма = ПолучитьФорму("Документ.РеализацияТоваровУслуг.Форма.ФормаДокумента", ПараметрыФормы);
Форма.Открыть();
Форма.ЗаполнитьТоваром();
Форма.ЗаписатьВФорме(РежимЗаписиДокумента.Проведение);
Форма.Закрыть();

(11) Метод объекта не обнаружен (ЗаписатьВФорме)
{ВнешняяОбработка.ПомощникРасчетаЗаработнойПлаты.Форма.Форма.Форма(83)}:    Форма.ЗаписатьВФорме(РежимЗаписиДокумента.Проведение);

(11) Не срабатывает так как форма открывается в обработке.

(13) Не срабатывает так, как Вы не сообщали толстый или тонкий клиент, управляемые или обычные формы у Вас.

(14) А разве по коду не видно что это тонкий клиент.