Или лучше классически через емэйл? В чем разница?

(0) счет вполне себе документ. На основании счета проходят оплаты, например. Мне кажется от требований принимающей стороны зависит.

Если счет подразумевает оферту,то вполне разумно его отправить по ЭДО.
Но,ЭДО нужно не только для того,чтобы доставить документ,но и чтобы получить подпись принимающей стороны,что для счета,в принципе,не нужно.

(0)мне как бухгалтеру проще через емэйл.

Некоторые просят счета еще подписывать

обычно просто по мылу, акт отправояешь, а счета они сами сделают это внутр процессы док-та заказчика. тебе главное, чтобы на руках подлинник акта с подписью директора был.

А какой смысл платить оператору, если можно бесплатно по почте?

(5) ну, круто же!