Два запроса:
Выбрать Ссылка
и
Выбрать Ссылка, Номенклатура, Количество

ВыборкаПоДокуметам = РезультатЗапроса[0].Выбрать();
ВыборкаПоТЧ = РезультатЗапроса[1].Выбрать();

Пока ВыборкаПоДокументам.Следующий() Цикл
    ...
    Пока ВыборкаПоТЧ.НайтиСледующий(Новый Структура("Ссылка", ВыборкаПоДокумента.Ссылка)) Цикл
        ...
    КонецЦикла;
КонецЦикла;

Нужно ли сбрасывать ВыборкаПоТЧ по окончанию шага цикла по ВыборкаПоДокументам? Результат второго запроса может быть неупорядоченным.

Почему не сделать 1 запрос?

Я обычно не использую НайтиСледующий, а использую НайтиСтроки()

(1) хочу знать, как работает НайтиСледующий(). По логике надо сбрасывать, но не проверял

Не проверял, но посмотрел в типовой. Нужно сбрасывать

(0) да, однозначно нужно сбрасывать, даже если кажется, что всё упорядоченно

Почему бы не использовать итоги и выбирать по группировкам?

(3) Логика проста: методы Следующий() и НайтиСледующий() - последовательный поиск от текущей записи и далее, если найдут запись - позицируются на ней. Следовательно, если изменяется структура поиска - поиск надо проводить заново (т.е - сбрасывать текущую позицию). Пример из типовой конфигурации:

Пока ВыборкаПоНДСПродукция.Следующий() Цикл
   СтруктураПоискаВыпуск = ПолучитьСтруктуруПоискаСтрокВыпускаПродукции(СтруктураШапкиДокумента, ВыборкаПоНДСПродукция);
      ВыборкаПоВыпуску.Сбросить();
         Пока ВыборкаПоВыпуску.НайтиСледующий(СтруктураПоискаВыпуск) Цикл

Надо сбрасывать.
Либо обе выборки одинаково упорядочивать (по ссылке документа)

(7) проверил себя на случай, если что-то не так понял :)
(6) мой пример немного упрощенный, нужен поиск по нескольким полям (номенклатура, характеристика, склад). Использование итогов по-моему для этой задачи не подойдет.

(0) Запрос-то покажи!

Все такие телепаты, как вы это делаете?

(10) вполне конкретный вопрос, зачем тебе запрос?
(3) работает согласно логике, проверял.

(11) Не понятно, как связаны две выборки.