Подскажите есть ли в ERP надежный вариант добавления реквизита в стоку дока не снимая с поддержки
Добавление реквизита в расширение - это крайне не надежный вариант

Как в заказе клиента отметить какие строки были отгружены, чтобы эта информация сохранялась с перестановкой строк или удалением других строк?

Подскажите кто знает

Если я ничего не путаю, то в РН ЗаказыКлиентов есть измерение КодСтроки. Этого разве недостаточно?

(0) "Как в заказе клиента отметить какие строки были отгружены, чтобы эта информация сохранялась с перестановкой строк или удалением других строк?"
Без снятия с поддержки никак за исключением расширения. Расширения норм тема, че это не надежно то? Доводы какие у тебя есть? Ну можешь еще дополнительные реквизиты использовать, если отмечать вручную собираетесь.

(0) не снимая с поддержки - не получится - Ваша логика работы с документом не запланирована вендором.
а чем расширение не угодило? Данные долго хранится не будут, судя по-постановке задачи, они нужны только на время жизни открытой формы.
лень-матушка?

(3)+ При потере расширения , теряются только свои данные

(3) данные нужны на долго