Внешний вид галочки (зеленой) можно посмотреть тут: https://expert.chistov.pro/public/720617/
Поставить то ее можно одним кликом (и случайно даже), а как убрать?

(0) указать коды строк заказа в реализации. Можно просто заполнить ТЧ из заказа.

(1) чтобы из заказа заполнить, договор, клиент, контрагент, соглашение, организация должны совпадать с заказом

(1) нет, заполнять не надо. Надо у одной строки снять этот признак "вне заказа".

код строки?

(4) ага, это такой реквизит ТЧ который идентифицирует строку заказа, по которой осуществляется отгрузка.

(5) на основании его и 1ска понимает, данная строчка сверх заказа или нет

(6) т.е. если удалить, то уже не восстановить привязку, только заново (вручную или заполнением) подбирать товар.

(7) Можно написать обработку заполнения, всё зависит от кошелька.

(7) все что вам надо, это всего лишь проставить число такое же как в заказе в данном реквизите. А как вы это сделаете, через заполнение по заказу, доп обработкой и т.д. это уже ваш выбор. Откуда 1ске знать, когда вы вручную добавляете товар, что эти именно тот самый из заказа, а не просто новый товар?)