В расширении есть не все объекты, которые фигурируют в запросе. Соответственно при попытке открыть запрос система руается, что такой-то документ не найден.

Как можно это побороть ?

в консоли, там все доступно

писать запросы в консоли

либо добавлять все метаданные, которые даже косвенно участвуют в расширении.

Открыть запрос - имеешь в виду конструктром запросов? Не надо так делать в расширении.

(1) не удобно запрос гонять в предприятие...

И как быть чтобы убрать "|", если инструментов разработчика под рукой нет или запрос генерируется программно ?

Меню - текст - блок - добавить/удалить перенос строки))

я лично открываю пустую внешнюю обработку, там сочиняю в конструкторе запрос, а потом его текст копирую в расширение.
Излюбленный лайфхак, почему 1С упорото не дает в конструкторе видеть объекты основной конфы - непонятно.

(7) почему 1С упорото не дает в конструкторе видеть объекты основной конфы - понятно.
Концептуально, расширение должно работать только с теми метаданными, использование которых в нем объявлено. Такая была задумка.
Цитата представителя 1С:
"По изначальной задумке это нужно было для того, что бы отсутствие каких-либо метаданных, добавленных вами в запросе было обнаружено на этапе старта, а не в тот момент, когда мы добрались до запроса. Плюс должно помочь при адаптации расширения к изменившейся конфигурации."

Но реальность показала, что это слишком неудобно во всяком случае с текущими помощниками добавления объектов в расширение.

Если бы была функция добавить все нужные метаданные, то еще терпимо было бы.
Ну и конечно в обратную сторону ьоже нужно

(5) А в чём неудобство? Консолей запросов - навалом, на любой вкус.

(10) ну так нужно переключаться туда сюда

(11) я и без расширений всегда запрос создаю и отлаживаю в консоли (не конфигураторе), чтобы сразу его проверить на живых данных (не сохраняя конфигурацию и не перезапуская предприятие), не понимаю проблему в (0).

(8) было бы неплохо, если бы эту задумку можно было включить/выключить в свойствах расширения

(13) Тогда все тупо будут ее отключать. А 1С сейчас нас принуждает таким образом к декларации использования метаданных в расширении. Все проблемы и неудобства из-за этого их решения - на партнерском форуме до них уже давно донесли. Видимо там кто то не хочет признавать провал своей красивой идеи (проектной ошибки) и потому нет движения нам навстречу.

(0) Добавьте все недостающие объекты из основной конфигурации.
Но порой, и это не помогает, к примеру не все объекты доступны в расширении.

Порой если это отчет, надо просто написать отчет, как внешний, и потом включить в состав конфигурации, и усе заработает :)
(или бывает надо делать наоборот, если объекты из расширения)

Ну а если объекты из разных расширений, не повезло, но и тут можно выкрутиться.

+ (0) А так лучше новые объекты добавлять в основную конфигурацию и возвращать конфу на поддержку :)
... Единственное чего лишитесь, это авто обновлений :)

(12) Вы попробуйте ваши запросы в отчет СКД включить (во внешний отчет, но с метаданными из расширений) :)