На пользовательской форме отчета есть флажок, по состоянию которого я хочу включать или отключать программно указанный выше отбор. Как это можно сделать?
Взять компоновщик настроек, из него настройки, из них Структуру, из структуры рекурсивно или циклом добраться до нужной группировки, и там уже корячить.
Очень хорошо в этом поможет отладчик.