Вызывается просто
Процедура Заполнить(Команда)
    ЗаполнитьНаСервере2();
КонецПроцедуры

Сама процедура выше описана, по ф2 в нее попадаю, но она даже не начинает запускаться. В чем может быть причина?

Отладка на сервере  выключена

что значит выключена на сервере? Где это включается?

(2) сначала в реестре, потом в параметрах

(2) это значит в службе агента 1с надо прописать /debug на сервере

(4) еще может сама отладка глчить из-за кэша. Поэтому, если отладка до этого норм работала и вы не трогали платформу, то попробуйте почистить кэш.