Проблема - у некоторых пользователей открыт сеанс(подвис?), они открывают новый - регламентное задание выполняется и загружает данные - получается что данные загружаются дважды.
Как можно это исключить?

добавить проверку на то, что данные загружены , ваш кеп

(1) не выходит - стартует одновременно и в момент записи второго - первый еще похоже не прошел транзакцию, поэтому не видит.

(2) Блокируй какой-нибудь объект на время транзакции!

Вынести выполнение фоновых в выделенный сеанс на выделенной тачке.

(3) хм... тормознет всех остальных, кто работает с этим документом?
(4) вынести нельзя - это обработка получения ЕГАИС - стартует под ключем ЕГАИС на пользовательской машине

(5) Используй объектные пессимистические блокировки. Ну, которые через Заблокировать() у объекта устанавливаются. Их можно без таймаутов проверять.
Какой-нить предопределенный элемент справочника (лучше специального) для этого удобно. Пытаешься заблокировать и если эксепшн - значит параллельный поток уже фигачит.