Например, это можно всунуть в ОбщегоНазначенияКлиентПереопределяемый.ПриНачалеРаботыСистемы(Параметры)
Если открывается блокирующее окно, то в параметрах нужно вернуть обработку продолжения при закрытии этого окна.
Описание с ИТС тут:
https://its.1c.ru/db/bsp313doc#content:539:hdoc