Несмотря на то, что есть "тип цен", цены привязаны к организации.
Можно конецно при продаже отключать привязку к организации, но это объемно по программированию.
Может там в настройках это как-то отключается?

Вернее, там привязка идет к подразделению организации. Но по сути, к организации.
http://doc.alfa-auto-additions.ru/doku.php?id=ценообразование:ценообразование_для_товаров

там только одна функция, которая получает цену, все же это старый добрый аспектно-ориентированный подход в ущерб излишней производительности.
по умолчанию там ищет по всем родителям подразделений, но все же не годится, т.к. база уже давно существует.
В общем, сделал замену подразделения на "подразделение цен", если оно заполнено в подразделении