Прописываю в ПКС, что если значение пустое, то заполнить его по умолчанию.

И всё равно загружаются строки с пустым значением.

http://imagizer.imageshack.com/img924/4121/MlyCGn.png

А зачем ты это делаешь в ПослеВыгрузки?
После драки автомат не заряжают...

Ну или если уж хочется ПослеВыгрузки, то использовать Объект.<ИмяРеквизита> вместо Значение

(2) наврал *рукалицо*
Не в ПослеВыгрузки, конечно, а в ПослеЗагрузки ПКО, а не ПКС.

(2) Это реквизит табличной части, так не получится

(3) Да, после загрузки в ПКО думаю получится

http://imagizer.imageshack.com/img922/826/KxH7bA.png

(4) с чего это вдруг не получится?

(6) Нужно номер строки знать

(7) .... или в последнюю записывать?

(0) Надо использовать ПриВыгрузке и не "делать мозг" ))  Хоть табличная это часть или не табличная

++(9) Если НЕ ЗначениеЗаполнено(ОбъектКоллекции.КатегорияНалогообложения) Тогда
    Значение = Справочники.КатегорияНалогообложения.НаОбщихОснованиях;
КонецЕсли;

Но по идее это бессмысленно, т.к. судя по скриншоту на входе нет никаких данных. Поэтому надо либо анализировать что-то другое, либо тупо записывать по-умолчанию
    Значение = Справочники.КатегорияНалогообложения.НаОбщихОснованиях;