При попытке удаления пишет, что объект использован в Документ.Договор

В документе Договор нет ни одного реквизита с ссылкой на удаляемый документ.

Может, там есть реквизит с типом Документ? И в данных есть реальная ссылка?

(1) нет

http://imagizer.imageshack.com/img923/3959/ywOoeE.png

список ввода на основании проверь

(3) а, точно
спасибо

(3) +
а вообще, в конфигураторе есть поиск ссылок на объект конфигурации