Источник: ЗУП 2.5
Приемник: БП 3
1) выгружается файл через обработку УниверсальныйОбменДаннымиXML
2) вызывается http-сервис в БП и передается выгруженный файл
3) В БП через обработку УниверсальныйОбменДаннымиXML загружается переданный файл
Подскажите, как получить на стороне БП соответствие выгруженных/загруженных объектов, чтобы в http-сервисе вернуть список незагруженных объектов, ссылки из источника? (например, были ошибки при проведении).

Что тут подсказывать? Открываешь обработку и дописываешь что надо. Ну или программиста зови.

(0) посмотри ОбработкаОбмена.мСчетчикЗагруженныхОбъектов

(2) В ОбработкаОбмена.мСчетчикЗагруженныхОбъектов хранятся загруженные объекты в Приемник, а это не те же объекты, который были выгружены из Источника

Разобрался, может кому понадобится...
В правилах добавляем параметр "ИсточникГУИД" и в него записываем ГУИД строкой: Значение = Строка(Источник.Ссылка.УникальныйИдентификатор());
В обработчике "После загрузки" получаем этот параметр: ПараметрыОбъекта.Получить("ИсточникГУИД");
Создаем массив из таких значений и возвращаем в ответе http-сервиса