В каком месте корректнее вставить данный метод (ЗарегистрироватьИзменения()) при ручной регистрации?

В любом, где удобно.
Вопрос странный.

(0) Для регистраций обычно делают подписку отдельную, на событие "ПриЗаписи". Ну или в модуле объекта "ПриЗаписи".
В "ПередЗаписью" еще нет ссылки.

+ в ПередУдалением() - в подписке/модуле,  если ты будешь УдалениеОбъекта передавать.

(0) можно и никуда не вставлять - добавь узел обмена в ОбменДанными.Получатели перед записью

ПриЗаписи думаю не подойдет, т.к. документ еще не проведен...
(3) нет, такое не планирую передавать
Может лучше в ОбработкаПроведения?

Сюда же думаю, надо ли делать проверку на Отказ? Типа Если Не Отказ Тогда Регистрировать

(4) о, надо рассмотреть этот вариант )

(4) тут же можно проверить РежимЗаписи...

(5) а какая разница проведен уже или нет?

(5) "Может лучше в ОбработкаПроведения?" - всегда надо помнить о "ОбменДанными.Загрузка = Истина" - проведенный документ можно изменять без перепроведения.

(8) возможно документ на стадии заполнения, и проведут, когда введут все данные

(9) в данном случае, думаю нет необходимости регистрировать

PS: Вы вольны в любое время зарегистрировать изменений, но оптимальный вариант - ПередЗаписью().

https://infostart.ru/1c/articles/899200/

(12) А там же ссылки нету...

При записи конечно.
Хоть движений еще нет, но флаг проведен уже стоит

PS:
(14) Ссылка на объект, как таковая, сама по себе, не нужна, ибо регистрация изменений пишется в сам объект (например, вот так: "Объект.ОбменДанными.Получатели.Добавить(УзелХ);") и сохраняется в базе данных при записи объекта.

(16) "регистрация изменений пишется в сам объект"
Хорошая трава...

(16) А при подтверждении обмена каждым узлом что происходит?

(0) Перед записью делай и не методом ЗарегистрироватьИзменения, а через Свойство ОбменДанными
https://program1s.com/registratsiya-izmeneniy-plana-obmena/

(17) Эта трава доступна с версии 8.1 если мне память не изменяет :) Вы бы, разнообразия ради, заглянули бы в типовой код подписок на событие "ПередЗаписью" для регистрации изменений что ли... Ну или бы Радченко перечитали, где он советовал для ссылочных типов регистрацию изменений вручную делать в событии ПередЗаписью.