Сделали обмен в ЦБ. Смотрим в журнал видим там документ из дочки, который не может в дочке изменяться - нет там таких прав. Этот документ должен приходить в дочку и всё, там его никто не меняет.

Смотрим журнал в дочке по этому объекту, а там записано НЕ удален (Ссылочная целостность).

Объясните пожалуйста как это всё работает.

двоечник, это всё - отлично работает.
если в центре удален объект данных, на который в какой-то периферийке в ее объектах данных есть ссылка:
1) он НЕ удаляется в этой периферийке;
2) обратно в центр в файле обмена из этой периферийки приезжает директива о восстановлении этого объекта данных;
3) и далее - из центра такая же директива (на восстановление) приезжает в другие периферийки и выполняется в них.

(1) как тогда правильно удалить объект в РиБ?

А как объяснить то, что в периферийку уходит Приходная накладная ЦБ-0006043 (11.10.21), а обратно из периферийки она приходит изменённая Приходная накладная 0000000005 14.10.2021 12:00:00? При этом на периферийке её никто не изменяет.