В зупе подобное реализовывали? например проводим больничный, а он показывает отчет о вытеснении неявки.

Даже интересно - кому и главное для для чего нужна такая информация?

(1) кадрам "настроить предупреждение при проведении документа-отсутствия (неявки, отпуск без сохранения, отпуск ежегодный и т.д.) – чтобы выскакивало окно-предупреждение, что идет пересечение с таким-то документом с такими то датами"

(2) В типовом ЗУПе вообще то есть такое предупреждение

Угу. Я сразу задумался как это сделать и даже начал что-то писать.
Но Предупреждение действительно формируется.
Только пользователь игнорит его наличие, чтоб побыстрее все провести и забыть о нем

Тогда надо в предупреждении просто изменить параметры его выдачи, чтоб исключить нажатие плохой кнопки

(5) ок спасибо сейчас буду изучать

Могут ли эти предупреждения быть выключены у пользователя?

(7) не воспроизводится на тесте?

(7) Скорее всего они формируются при расчете документа, т.е. у пользователя с правами расчетчика

Типовое предупреждение нужно, чтобы понять, пересекается ли больничный с другими невыходами, в которых больничный не оплачивается

Например, сотрудник взял отпуск за свой счет, заболел, и радостный такой приносит больничный на период этого отпуска. А такой больничный не оплачивается, см. 255-ФЗ.
Вас программа об этом предупреждает, мол проверьте, что там за период пересечения и хорошо подумайте, а вы отключить хотите.

(10) не. Не отключить, а запретить пользователю игнорировать это предупреждение.

Там выдается два варианта ответа. Если согласиться с одним - документ не будет проведен. Согласиться с другим - все равно будет проведен.

(11) да нашел спасибо

(11)  Это меняет дело, дошло.