Человек был в отпуске, получил больничный. На время невыхода ему ввели документ "Отсутствие по невыясненной причине". Ввели больничный, исправили отпуск, чтобы продлить на время болезни, теперь исправленный отпуск не проводится т.к. конфликтует с документом "отсутствие": в регистре расчета "начисления" конфликтуют записи. Как разлуливать такую ситуацию? Исправить отстутствие? Создадутся записи по начислению по зарплате, которые "выдавятся" потом отпуском? Так вроде?

(0) Ничего не понял ...
если ввели б/л, то он вытеснит отсутствие по невыясненной и оно никак не сможет мешать отпуску

(1) Предположу, что отпуск сотрудник "продлил" не являясь на работу и не принося больничный в бухгалтерию по окончании больничного. Т.е. документ "отсутствие" был введен на все время отсутствия, как по  б/л так и по продлению отпуска по б/л.

(2) Да че предполагать, ты напиши как было
Отпуск с..по, б/л с..по, отсутствие с..по
На конкретных датах проще разобрать

Я бы просто попробовал "отсутствие" выкинуть совсем, т.к. все первичные документы уже в наличии и все периоды присутствия/отсутствия должны стыковаться друг с другом и без этого документа.
Есдинственная разумная причина в этом документе - это когда расчетчики становятся на дыбы и бьют больничные месяцем позже, т.е. по дате предявления, а не по тем периодам в шапке документа, которые указаны в интервалах.
Тогда и получается, что "отсутствие" должно четко сидеть в нужном месяце, причем, при переходяшем с прежнего месяца на очередной, нужно делать разные документы с разными периодами шапки, по соответствующие интервалы отсутствия.
з.ы. просто у нас был случай, когда отсутствие шлепали на период даже больше месяца.

(0) В отсутствии по невыясненной причине какой вид времени ввели? Если "болезнь - больничный еще не закрыт", то не должно конфликтовать. У меня, во всяком случае, проблем до сих пор не было.

- отпуск с 1.10 по 20.10 (причем отпуск начислили и выплатили, как положено - не позднее чем за 3 дня, еше 26.09 и лег он в начисления сентября)
- больничный с 15.10 по 25.10 (причем больничный сотр принес аж 08.11, до этого бухгалтера его в глаза не видели и о сроках и датах и периодах ничего не знали).
зарплату за октябрь закрывали 03.11, чтоб успеть до выходных (по закону, если срок выплаты попадает на праздничные или выходные, то зарплата выплачивается накануне этого, в последний рабочий день, срок выплаты установлен 5-го и 20 -го каждого месяца).
- поскольку сотрудник должен был выйти на работу 21.10 (после отпуска), но не вышел и НИКАКИХ документов и заявлений не предоставил, то бухи вынуждены были поставить невыходы (отсутствие по невыясненной причине) с 21.10 по 31.10 чтобы за эти дни октября ничего не считалось.
в ноябре, 08.11, после длинных выходных, появляется сотр и приносит больничный.
бухи его (больничный) вносят. расчетный период естественно уже ноябрь. Претензии, что расчетчики стали на дыбы, в данном случае не совсем обоснованны, октябрь то уже закрыт, посчитан и выплачен и при этом у бухов не было никаких данных, кроме факта отсутствия на работе с 21.10 по 31.10.

Невыходы с 21.10 по 25.10 прекрасно вытесняются этим больничным. С этим вопросов нет.
невыходы же с 26.10 по 31.10 должны вытесняться продлением отпуска. В этом, я так понимаю, у автора и затык?

(6) да.

По моему отпуск должны прервать и продолжить со смещением. Для этого документы существуют, (возврат из отпуска).