Переход был осуществлен из конфигуратора.
Изначальная версия БП 2.0.67.14

Все верно. Вопрос в чем?

3.0.105.31    16.11.21        3.0.100.23, 3.0.101.19, 3.0.102.11, 3.0.103.12, 3.0.103.21, 3.0.104.28, 3.0.105.14, 2.0.67.14

А на какой релиз был переход и через что? Может еще и платформа была заменена?

Ты кто там уборщик? Или маляр, потолки красил и тебя попросили на форуме написать?
Переход не переносит кривые данные. Например минуса на 50 или на красота на 62.
Какая религия запрещает открыть осв и посмотреть и найти разницу, или думаешь на форуме у каждого хрустальный шар и он взглянет в него и скажет что не так у вас с базой?

Может банально итоги нужно пересчётать. При чем не факт что в 3.0, может в старой базе кривые итоги. Или субконто где то было не Заполнено. Бывает когда висит сумма по кредету и по дебету. Итого 0 а если сравнивать развёрнутое сальдо то данные не совпадают.
А может кто позаводил свои счета которые не перенеслись. Или вообще не должны переносится.

Короче зови буха пусть она смотрит и скажет где и что не совпадает, тогда уже можно думать почему. А пока изучай правила переноса на предмет того что типовая переносит. Ты же не думаешь, что типовой перенос всегда идеально перенесёт как есть все данные? 1с ещё те ленивые жопы и пишут правила для часто используемых идеальных данных, а для всего остального у них есть франчи которые тоже кушать хотят

(5) там же обновление, нет там правил и переносов

(6) ну там, именно при обновлении БП 3 с релиза на релиз, иногда обновление сносит данные бухитогов. Например, когда реструктуризация бух регистра приключается. При замене 2.0 на 3.0 реструктуризация есть. А была она успешной или нет... кто знает

Отчет "Карточка счета" в помощь автору.