Предположим, есть у клиента ящик мойящик@мойсервер.ру. А отправлять письма с этого ящика он хочет через smtp
yandexa. Позволит ли это яндекс и какие настройки нужно будет сделать?

Можно. Нужно подключить услугу Яндекс почта для домена