С какого-то обновления перестали ставиться суммы на счете МЦ.04 (количество никуда не делось) после проведения документов. Где какая галочка появилась?

(0) в учетной политике посмотри новые галочки

а сумма то вам на МЦ.04 зачем, если малоценка сразу на расходы списывается?

иногда полезно читать изменения к релизам

(1) + 1
и чтить ФСБУ 5