Ит = СоздатьОбъект("БухгалтерскиеИтоги");
    Ит.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Контрагенты,,1);
    Ит.ВыполнитьЗапрос(НачДата,КонДата,ПоСчетам);
    Ит.ВыбратьСубконто(1);
    Пока Ит.ПолучитьСубконто() = 1 Цикл

        Остатки = СоздатьОбъект("СписокЗначений");
        Остатки.Установить("СНД",Ит.СНД());
        Остатки.Установить("СНК",Ит.СНК());
        Остатки.Установить("СКД",Ит.СКД());
        Остатки.Установить("СКК",Ит.СКК());

Почему в итоги попадают строки где СНД СНК СКД СКК нули?

НачДата и КонДата - текущая дата.

некоторые контрагенты с движениями не попадают, а некоторые попадают но с нулями
и там и там обороты были еще в прошлом году

вообще не могу раскурить эту тему

Вероятно, за период с начдата по кондата ке сть движения или развернутое сальдо с нулевым итого.

развернутое сальдо с нулевым итого
это как? (1)

(2) сколько субконто есть в плане счетов на счетах из ПоСчетам?

Ит = СоздатьОбъект("БухгалтерскиеИтоги");      
    Ит.ИспользоватьСубконто(ВидыСубконто.Контрагенты,Контрагент,2);
    Ит.ВыполнитьЗапрос(НачДата,КонДата,ПоСчетам,,,,"Операция");
    Ит.ВыбратьСчета();
    Пока Ит.ПолучитьСчет() = 1 Цикл
        Сообщить("Счет:"+Ит.Счет);        
        Сообщить("СНД:"+Ит.СНД());
        Сообщить("СНК:"+Ит.СНК());
        Сообщить("СКД:"+Ит.СКД());
        Сообщить("СКК:"+Ит.СКК());        
    КонецЦикла;


разобрался что к чему после этого

Ну так то ещё бы и
Ит.ВыбратьСубсчета(-1);
использовать, а то потом будет вопрос, почему обороты двойные.