но проблема в том что в расширении есть реквизит, который содержит данные (мне их сохранять не нужно), и удаление не возможно. Можно конечно вручную это всё делать, но это 90 распределённых баз.
(0) В центральном узле внесите нужные Вам изменения в расширение; отключите расширение; передайте сообщениями обмена это по всем узлам; после миграции по всем узлам - можно удалить расширение в центральном узле. Для этих действий использование командной строки не требуется - весь необходимый функционал присутствует в конфигурации (должен присутствовать).