Есть доработанная Розница 2.3. Есть типовая Бухгалтерия 3.0. Есть тоже доработанные правила обмена. Если я буду использовать доработанные правила в Рознице, а в Бухгалтерии правила из конфигурации - не может никаких проблем возникнуть?

Так если в какой-то из двух баз произойдут структурные изменения метаданных, то проблемы наверняка возникнут.

И для ответа на поставленный вопрос в топике нет информации в какую сторону будут выполняться обмены и на какой стороне будет крутиться исполняемый код.
А также надо смотреть, что обмены сейчас также бывают разные. Можно через файлы, а можно прямым соединением... А можно подключением через интернет-соединение. Какое у вас там?

(1) В том-то и дело, что был настроен обмен между доработанной Розницей и типовой Бухгалтерией.
Потом обновили Розницу, правила обмена в ней привели в соответствие к изменениям.
Бухгалтерия типовая, обновляется отдельно.
Но в синхронизацию Бухгалтерии тоже зачем-то загружали правила из файла. Зачем - непонятно. Ведь все правила описываются на стороне Розницы, из Бухгалтерии вообще ничего не идет - только сообщение о том, что данные дошли успешно.

Обмен через файлы.

при обмене через файлы правила конвертации попадают в сам файл. Т.е. при получении данных отдельных каких-то правил искать не нужно - все есть в самих данных.

(3) Согласен, только тогда не совсем понятно, почему разная реакция при установке правил на стороне приемника (Бухгалтерии). Если я ставлю "Из конфигурации" - обмен идет нормально, а если загружаю из файла - то в обратную сторону идет с ошибкой, то есть источник (Розница) не принимает информацию, что файлы дошли.

Значит, они все-таки используются?

(3) если кд2, то нет. правила не попадают в файл. а находятся во второй базе под названием правила корреспондента. Похоже Слафор их и загружает во вторую базу.