В один прекрасный день сервер 1С перестал работать на стандартном порту 1541 (тот оказался занят системной службой), из-за чего пришлось сменить порт на 2541.
После смены порта Агент стал запускаться, а оснастка администрирования серверов — без проблем подключаться к серверу.

Но при попытке подключиться к базе через приложение 1С появляется ошибка «server_addr=tcp//WS2016:1541 descr=Сервер недоступен (Не отвечает, завершается аварийно или порт занят другим приложением)», то есть приложение по-прежнему пытается подключиться на старый порт 1541. Как это починить?

P.S. Удаление и повторное добавление базы в список баз или добавление базы через профиль свежесозданного пользователя Windows ничего не меняют.
Естественное, всё уже многократно перезагружалось и перезапускалось, также без эффекта.

Указать в настройках вместо сервера например server1 -> server1:2541 будет Пушкин?

Или по твоему когда клиенту 1С нечем заняться он порты перебирает?

Да, если менеджер кластера работает на альтернативном порту - то в клиенте надо указывать порт.

PS А какая системная служба хватает порт 1541?

(4) > "А какая системная служба хватает порт 1541?"
Спулер дурацкий может туда залезти, если подняты службы сервера сетевой печати.

(0) > "пришлось сменить порт на 2541"

Вы бы лучше исключили нужный вам для 1С диапазон из списка динамически выделяемых портов:
netsh int ipv4 add excludedportrange tcp startport=1540 numberofports=10 store=persistent

А вообще, как виндовс-то у вас там, вроде бы давно уже сменился диапазон динамических портов, выделяемых по умолчанию, теперь выдаются нормальные 49152-65535:
https://docs.microsoft.com/ru-ru/troubleshoot/windows-server/networking/default-dynamic-port-range-tcpip-chang

(0)>на сервере: пришлось сменить порт на 2541.
>на клиенте при подключении по старому адресу: Сервер недоступен

должно было как-то по другому?

Сервер-то какой?
Порты перебирать - дело не очень хорошее,а потом у вас половина служб будет на левых портах.

Всем большое спасибо за разъяснение и советы, проблема решена.
Порты оказались заняты системными службами — spoolsv.exe, TermServLicensing, EventLog, Schedule. Поэтому решил воспользоваться рецептом Anchorite, исключить диапазон портов.
Сервер 2016, после исключения для системы 1540-1550 портов всё работает без проблем.

А вообще какой-то странный случай: проблема началась после аварийной перезагрузки сервера, и откат не помог. До этого всё год работало чётко.