Нам отдают материалы которые мы должны уничтожить, соответственно отходы мы не возвращаем, а выдают акт на уничтожение (акт выполненых работах).
Каким путем пошел, оформил заказ давальца, далее посупление сырья от давальца, пытаюсь оформить отчет давальцу чисто на услуги, но он не даёт провести документ не заполняя вкладку выпущеная продукция.
Пытался второй вариант, тоже самое что и первый за исключением что вместо отчета давальца оформлял реализацию товаров услуг, но тут есть недостаток, нужно второй договор завоить на реализацию, к сожалению один и тот же договор не может являться с покупателем и Прием в переработку. Так же не понятно как с забаланса поступивший материал контрагента списывать.

А произвести работу (а не услугу), и потом эту работу передать?

(1) по давальческой схеме работу произвести нельзя, можно с ремонтом по колдовать но там нужно соступление некой номенклатуры в ремонт потом возврат её. Жаль что онм реализовали ЕРП как неповоротливый паравоз в УПП документы были намноги гибче, можно было выстраивать свои процессы не запуская руки в конфигуратор.

А причем тут давальческая схема? Вы не производите для давальца, вы оказываете услуги.

(3) по сути да, нам нужно отразить получение материалов, далее выставить счет и предоставить акт на уничтожение. Только как это оформить максимально грамотно? У меня вариант только с двумя договорами первый договор на реализацию товара услуг - собственно сам акт + образование задолжненности контрагента, далее поступление товаров на коммиссию  которую мы потом спишем это уже второй договор.

Я сомневаюсь что комиссия - это правильно. Имхо - прием на ответ.хранение.

(0) Номенклатура: "Акт на уничтожение". Приходит как материал от давальца, который вы ему и возвращаете.

+ (6) Через "Ремонт".