&НаСервере
Функция ВернутьДни(Знач ВыбПодразделение)
    Если ВыбПодразделение.Родитель.Пустая() Тогда  
        Возврат ВыбПодразделение.Тест;
    Иначе
        Если ВыбПодразделение.Тест = 0 Тогда  
            ВернутьДни(ВыбПодразделение.Родитель);
        Иначе
            Возврат ВыбПодразделение.Тест;  //значение
        КонецЕсли;    
    КонецЕсли;    
КонецФункции

&НаКлиенте
Процедура Команда1(Команда)
    ВернутьДни(Подразделение);
КонецПроцедуры


Каким образом выскочить из рекурсии, если условие сработало на некоторой итерации?
Значение здесь получаем
Возврат ВыбПодразделение.Тест;  //значение
но дальше возврат на предыдущий шаг, возвращает хрень.

вешать какую-то переменную, типа ЗначениеВыбрано = Истина?

А опиши суть задачи. По предоставленному фрагменту ничего понять невозможно.

(2) справочник подразделений в ЗУП. Есть числовое поле. Если оно заполнено у элемента, возвращаем его, если нет - у родителя

(0) по сути вопроса выглядит нормально
&НаСервереБезКонтекста здесь напрашивается, но вопрос конечно не решит

(3) "Если оно заполнено у элемента, возвращаем его, если нет - у родителя"
И где здесь применение рекурсии? Подъем "снизу вверх" - чистейшая итерация.

(5) иерархия может быть большой, предлагаешь все время на пустого родителя проверять?

(6) Как вам здесь рекурсия поможет? Если хотите оптимизацию при повторных вызовах - используйте кэширование.

(6) А уровень элемента запросить религия не позволяет?

(8) рассматриваю и такой вариант, в цикле по уровню можно проверить
Почему рекурсия-то не подходит?

(9) Потому что тупая трата машинных ресурсов. Вместо иттерационного цикла с прерыванием в нужном месте.

(10) уговорил, перепишем функцию )

Вместо
ВернутьДни(ВыбПодразделение.Родитель);
Написать
Возврат ВернутьДни(ВыбПодразделение.Родитель);

(12) бинго! Спасибо!

Ещё и не так бывает, когда функции называть как процедуры.