в версии 2.4 был отчет "Поступление и отгрузка", в котором можно было посмотреть есть ли товар в наличии или он зарезервирован в каком-то документе. Как я понял в 2.5 его убрали. Есть ли какие альтернативы, чтобы была возможность посмотреть что происходит с товаром?

Доступность товаров

*Остатки и доступность товаров

(2) Он не показывает в каких документах используется номенклатура (отгружается она либо же доступна)

(3) Для этого нужно расшифровку "Остатков и доступности" делать - щёлкнуть по значению поля "Отгружается".