В консоли СКД задаю конкретные значения параметрам (выбираю нужные элементы справочника). Но после сохранения в отчёт в настройках они отображаются как текстовые ГУИДы. Что я делаю не так? Или оно нормально не может работать?

лучше написать выражения
при переходе из пользовательского режима в конфигуратор конечно явные ссылки "погибнут"

(1) Почему "конечно погибнут"? Например, вариант отчёта сохраняется в xml и оттуда загружается с сохранением ссылок. Пробовал оттуда выцепить ссылки, но не получилось.

ну попробуй задать конкретные значения в конфигураторе

(3) Каким образом?

Расширение с предопределёнными элементами использовать нельзя из-за режима совместимости конфигурации.

в модуле отчета в процедедуре ПриКомпоновке задавай значения параметров программно

(5) ПриКомпоновкеРезультата? А не поздно параметры устанавливать?

О! 8.3.22:
В запросах и системе компоновки данных реализована возможность получать уникальный идентификатор ссылки объекта информационной базы.
В языке запросов и языке выражений системы компоновки данных реализована функция УникальныйИдентификатор().

Процедура ПриКомпоновкеРезультата(ДокументРезультат, ДанныеРасшифровки, СтандартнаяОбработка)
    
    ЗначениеПараметра = КомпоновщикНастроек.Настройки.ПараметрыДанных.Элементы.Найти("Номенклатура");
    ЗначениеПараметра.Значение = Справочники.Номенклатура.НайтиПоНаименованию("ТвояНоменклатура");
    ЗначениеПараметра.Использование = Истина;
    
    
КонецПроцедуры

и все отработает

при большом желании можешь вообще отключить стандартную обработку и выполнить схему с установкой всего чего душа пожелает