Какие настройки нужно сделать, чтобы они пробивались по кассе при указании веса.
На данный момент ругается на несоответствие количества марок маркировке.

да никаких особо, сыр должен быть списан полностью одной маркой перед разрезанием как открытие бутылки в баре для егаис.

(1)То есть продавать его уже немаркированным?

(2)Получается так..

(1)А не в курсе, в свежих релизах существует уже документ списания кодов маркировки, с типом списания - "Фасовка"?

В УТ есть вот это. https://buh.ru/articles/documents/140568/
В последних релизах Розницы в номенклатуре появилась ссылка "Виды упаковок по GTIN".
При нажатии ругается, что ни одного кода нет.

(4)+У некоторых есть.

Читайте специалистов по вопросам маркировки, которые знают что и ка кпотому что сами полностью пишут работу с маркировкой. Например, Виктора victuan1 здесь Обмен ЦРПТ (Честный ЗНАК) для 1С 7.7 //ГИСМТ, ЭДО, ОСУ, молочная продукция, вода и пр.//