Есть список заказов. Ссылки на него есть в ТЧ у эквайринговой операции и в ТЧ у РТУ.
Как правильно составить запрос, чтоб в нём можно было по каждому из заказов увидеть сколько оплачено и сколько отгружено?

Через регистр состояние заказов все видно.

(0) Правильно - обратиться к соответствующим регистрам и по ним сделать запрос.