Переношу свойства и категории из старой базы в новую в дополнительные реквизиты справочника.
    
    В Источнике данные формирую запросом из двух регистров.
    В ПКС нужно выбрать ПКО для случаев когда передается ПВХ или справочник категории.
  
    Можно програмно задать ИмяПКО = "Свойства" или "Категории", но как определить когда какое задавать ?

Посмотреть на тип передаваемого свойства не?

Проверка на тип источника, банально через ТипЗнч?

(2) Я первый, бебебе

В ПКС примерно так:

Если ТипЗнч(ОбъектКоллекции.Значение) = Тип("СправочникССылка.ЗначенияСвойствОбъектов") Тогда
    ИмяПКО = "ЗначенияСвойствОбъектов";
КонецЕсли;

если на каждый тип только одно правило, то само все разрулится