Открываю НСИ и администрирование->НСИ->Контрагенты отсутствуют инн и кпп.

Открывается форма: Партнеры->формаспискаБезПолнотекстовгого поиска.

На копии — было нормально, на чистой 2.5.9 — также нормально.

Что может быть, как изменить форму?

(0) Все верно, в партнерах нет ИНН и КПП

ИНН и КПП на форме партнеров видны если у вас всем партнерам соответствует по 1 контрагенту, если хоть для одного 2 или более, то они в списке не будут доступны

Была бага в одном из релизов, можно попробовать галку Спарк-Риски снять в Интернет поддержке и сервисах, должны ИНН и КПП появиться