Есть два типовых отчета: ведомость по товарам на складах и ведомость тмц в эксплуатации. Оба отчета обращаются к виртуальной таблице ОстаткиИОбороты соответствующих регистров. В обоих отчета в настройках скд есть группировка по регистратору (в первом отчете это типовая настройка, во втором - пользовательская). Во втором отчете остатки рассчитываются неверно: если развернуть дерево и сложить все строки, то их сумма не будет равна сумме в группировке выше (для начальных остатков, например, сумма по строкам больше суммы в группировке выше). Если группировку по регистратору убрать, то рассчитывается все верно.
В обоих отчетах присутствует ПериодСекунда, заданы роли, для регистратора - игнорировать null. Что можно еще проверить?