Расскажите пожалуйста как идёт учёт времени работы по часам у программистов.

Что именно учитывается? Время когда вы вникает в задачу? Ищите информацию по задаче в интернете? Изучаете навыки необходимые для решения задачи?

Одно дело когда спец с опытом, он поизучаю новое 20 минут, включил трекер и пошёл "фигачить" над задачей. Либо сразу в работу въехал ибо был опыт.
А если начинающий? Получил задачу, сел читать что от него хотят, полез в книги, инструкции и прочее. Начитался, что то понял, включил трекер и начал решать задачу.

  Или может проще у франчайзи подглядеть, как у них устроен учёт времени и зарплата?

Я сам в маркетинге, работаю по тайм трекеру в найме. Но часто его останавливаю когда изучаю материалы из интернета или сижу думаю как я её буду решать.

Может спросить у работодателя?