В СП ПередНачаломРаботыСистемы(<Отказ>)

Параметры:
<Отказ>
Тип: Булево.
Признак отказа от запуска программы. Если в теле процедуры-обработчика установить данному параметру значение Истина, то программа не будет запущена.
Значение по умолчанию: Ложь.
***

В реальности обработчик себя ведет так, как-будто никакого параметра у него нет, установка в ИСТИНА ни на что не влияет (8.3.21.1393).
Обработчики в типовых уже идут без параметра.
Вывод: глюк СП?

Сделай "Вызвать исключение"

лучше ПрекратитьРаботуСистемы()
см. пример использования в СтандартныеПодсистемыКлиент.ДействияПередНачаломРаботыСистемыОбработкаЗавершения()