Имеется запрос в обработке, допустим с сотрудниками. Необходимо добавить отбор по организации, подразделении и сотруднику. Как можно сделать отбор, по аналогии с отбором в СКД: имею в виду, что при отборе Организации,Подразделении и сотрудника, выходят соответственно сотрудники указанного подразделения и организации, если не выбирать сотрудника - тогда выведутся сотрудники подразделения указанной организации, то же самое и с организацией. Надеюсь, понятно объяснил

Сотрудников сначала в массив собираешь в зависимости от установленных пользователем отбором, потом в параметры этот массив.

(0) Да как угодно. Хочешь через "ИЛИ", хочешь через парсинг текста запроса, хочешь через объект СхемаЗапроса.
"ИЛИ" самый простой путь

ВЫБОР
  КОГДА &Сотрудник <> &ПустойСотрудник ТОГДА Сотрудник = &Сотрудник
  КОГДА &Подразделение <> &ПустоеПодразделение ТОГДА Подразделение = &Подразделение
  КОГДА Организация <> &ПустаяОрганизация ТОГДА Организация = &Организация
КОНЕЦ

(0) Вариантов несколько. Выбор конкретного зависит от конкретного запроса.
Можно, например, так.

(&Сотрудник = ЗНАЧЕНИЕ("Справочник.Сотрудники.ПустаяСсылка") ИЛИ Сотрудник = &Сотрудник)
И (&Подразделение = ЗНАЧЕНИЕ("Справочник.ПодразделенияОрганизации.ПустаяСсылка") ИЛИ Подразделение = &Подразделение)
И (&Организация = ЗНАЧЕНИЕ("Справочник.Организации.ПустаяСсылка") ИЛИ Организация = &Организация)

Вариант из (3) некорректен.

Сотрудник В (&Сотрудники)

не предлагали ещё?

(5) В задаче указано " по сотрудникУ" (в единственно числе). Не стоит плодить лишние сущности там, где они не нужны.
А если ты предлагаешь писать отдельный запрос для получения значения параметра &Сотрудники, то это только усложнит задачу. Да и в этом отдельном запросе всё равно придётся как-то извращаться для описания отбора в нужном виде.

(4) А что некорректно в (3)? Я понял так, что при указании сотрудника, другие отборы не нужны, не так?

(4) Спасибо большое

(7) >> при указании сотрудника, другие отборы не нужны, не так?

Не исключено конечно.
Но с вероятностью около 99.9% не так. В таких задачах обычно комбинация отборов может быть любой - от полного отсутствия всех значений отбора до указания значений отбора противоречащих друг другу (например, когда указано подразделение от другой организации).

(6) зачем? Делаем массив из Одного сотрудника или пустой, если не указан.

(9) Тогда действительно некорректный вариант. Но зачем предоставлять возможность выбора подразделения другой организации? )

(9) У меня как раз таки случай из 0.1%. Можете подсказать, как можно на форме сделать условие, что при выборе подразделения, высвечиваются только подразделения указанной организации?

(12) Связь выбора в свойствах поля

(10) В семерке это работало...

(12) Указать у реквизита Подразделение связь параметров Выбора Отбор.Владелец(Организация). Это чтобы в форме выбора Подразделения сразу отбор был.
Ну и/или вручную наколхозить проверку при изменении значения Подразделения. И перед началом выполнения обработки ещё проверку. Для надёжности ))).

(10) >> Делаем массив из Одного сотрудника.

Зачем? Для чего это усложнение с дополнительными телодвижениями? Что оно нам даст?
Избавит от необходимости контроля отборов по Подразделению и Организации? - Нет. Тогда ради чего, если это никак не решает нашу задачу?

(16) Не говоря уж о том, что в восьмерке это просто не работает. Применение "В" к пустой коллекции даст ложь, а не истину