Интересный вариант на инфостарте нашел
https://infostart.ru/public/591410/
Можно использовать всегда назначение удержания - В пользу третьих лиц. Тогда появится возможность при начислении удержания выбирать контрагента. Создать служебных контрагентов - по видам проводок. И выбирать при начислении удержания нужного слежебного контрагента, а потом при загрузке проводок проверять, контрагента и если это контрагент слежебный - то выбирать шаблон проводки в зависимости от него