Стандартная БП 3.0 (учет с 2017 года). Используется счет Субсчет 003.01 "Материалы на складе". По умолчанию на нем два субконто Контрагенты и Номенклатура. Вели учет какое то время с этими аналитиками. В какой то момент появилась необходимость добавить 3 субконто-Склады. Добавляли в пользовательском режиме. Как происходил процесс перехода/добавления-мне неведомо, было до меня. На текущий момент решили данные на счете полностью списать, так как отчеты стали выдавать данные с непонятными цифрами. Написал обработку создания/заполнения  операции вручную. И тут вижу, что на остатках хранятся данные в разрезе старой аналитики-только Контрагенты и Номенклатура. Склада нет вообще .Не то что он имеет пустое значение -он просто Null. А  операция вручную не  позволяет создать проводку отсутствующим субконто Склад (именно не с пустым, а с отсутствующим субконтом вообще). Т.е. если провести операцию по  списанию остатков -тогда по аналитике Контрагент и Номенклатура закрывается остаток., а по складу повисает остаток. Пробовал сделать пересчет итогов,тестирование/исправление -ничего не изменяется. В отчетах вообще оборотка показывает начальный остаток на начало пустой даты (на начало времен 01.01.01-уже есть остаток). Как исправить положение, закрыть счет без остатков?

Похоже на испорченные данные в основной таблице регистра бухгалтерии (в журнале проводок, то есть). Смотрите проводки по этому счету. Возможно там что-то без даты повисло.
И попробуйте в дополнение к ТиИ ещё выгрузку-загрузку.

Если писать набор записей в режиме загрузки, то можно и без нужного субконто записать (что закроет твои NULLы). Правильнее наверное старые проводки перезаписать чтобы там возникли пустые склады.
Делается ли это платформой при смене настроек субконто - хз, но обработкой точно можно

(1) Делаю все на копии ,этап выгрузка/загрузка -проведен
Первая проводка, которая вижу в списке проводок -от 2017 года
(2) в режиме загрузки не пробовал, сейчас проверую. А вот старые проводки перезаписать-непонятно, что будет с закрытыми периодами прошлых лет, бухи будут резко против если у них суммы расползутся прошлых лет

(3) от перезаписи набора суммы не расползутся, но последовательности могут сдвинуться.
В режиме загрузки по идее и последовательности не уедут, но тогда субконто нужно будет явно указывать. В обычном режиме возможно достаточно просто перезаписи набора чтобы субконто установились, но это не точно

Сделал операцию в режиме загрузки, вижу что субконто=NULL двигает, но остаток после проведения все равно остается. Т.е. проблема другого рода, со входящими данными остатков - где то повис входящий остаток на начало времен до нашей эры. Но я его вообще не вижу нигде. только в оборотке по 003

(0) Если немного таких косячных движений, то я делал так:

залезал в проводки косячного документа, перевыбирал NULLевое субконто, потом ставил ручную корректировку и записать движения.
В этом случае ничего не сбивается и перепроведение программа не просит.