Поиск по артикулу по коду или произвольный запрос ?

(1) +1
(0) У вас запрос в цикле.
Вариантов ускорения немного. И все сводятся к уходу от запроса в цикле.
Первый. Полностью переписать обработку, отказавшись от построчного перебора.
Второй. Оставить построчный перебор, но поиск в допреквизитах делать не внутри цикла, а перед его выполнением.
Выгрузить из таблицы в массив колонку со значением кода поставщика.
Сделать запрос.



Запрос = Новый Запрос;

Запрос.Текст =

  "ВЫБРАТЬ

  |    НоменклатураДополнительныеРеквизиты.Ссылка КАК Ссылка,

  |    НоменклатураДополнительныеРеквизиты.Значение КАК КодПоставщика

  |ИЗ

  |    Справочник.Номенклатура.ДополнительныеРеквизиты КАК НоменклатураДополнительныеРеквизиты

  |ГДЕ

  |    НоменклатураДополнительныеРеквизиты.Свойство = &СвойствоКод

  |    И НоменклатураДополнительныеРеквизиты.Значение В (&МассивКодовПоставщиков)";

Запрос.УстановитьПараметр("МассивКодовПоставщиков", МассивКодовПоставщиков);

Запрос.УстановитьПараметр("СвойствоКод",     

ПланыВидовХарактеристик.ДополнительныеРеквизитыИСведения.НайтиПоРеквизиту("Имя", "КодНоменклатурыФактум_dd991e61e7784241998ae778c4944c8a"));

РезультатЗапроса = Запрос.Выполнить();

Далее либо выгрузить результат запроса в таблицу значений (можно проиндексировать её по полю "КодПоставщика") и внутри цикла искать номенклатуру в этой таблице.
Либо в самом запросе поместить результат во временную таблицу и использовать её как источник для запросов внутри цикла.

Вариант с переносом кода поставщика в артикул элемента номенклатуры или в код номенклатуры я бы рассматривать не стал. По целому ряду причин.
Во-первых, ускорится то оно ускорится, но не факт, что сильно.
Во-вторых, эти поля могут понадобиться вам самим. Даже если сегодня они вам не нужны и пользователи мамой клянутся, что никогда в жизни не понадобятся.
Во-третьих, никто не даст гарантии, что завтра у вас появится множество поставщиков и надо будет хранить коды для каждого. Кстати в этом плане идея с хранением в допреквизитах - не лучшая.
В-четвёртых, в любой момент может появиться соотношение один ко многим, когда одна номенклатура в вашем справочнике соответствует нескольким номенклатурам поставщика (часто встречается, когда детализация учёта номенклатуры по характеристикам различна - поставщик делит номенклатуру по размерам/цветам/материалам/... на разные позиции, а у вас это всё одна номенклатура с разными характеристиками, или наоборот).
В двух последних случаях (множество поставщиков и соотношение один ко многим) можно различными путями проблему обойти, оставив хранение кода в допреквизитах. Но если код поставщика в артикуле или в коде элемента, то придётся связываться с переносом этих данных оттуда.