Добрый день, программно формирую заказ.
    ДокЗ                    =Документы.ЗаказКлиента.СоздатьДокумент();
    ДокЗ.Дата                =ДатаФормирования.Дата;
    ДокЗ.ДатаСогласования    =ДатаФормирования.Дата;
    ДокЗ.НеОтгружатьЧастями    =Истина;
    ДокЗ.Заполнить(СтруктураЗаполения);
    ДокЗ.Организация         =Договор.Организация;
    ДокЗ.Контрагент         =Договор.Контрагент;
    ДокЗ.БанковскийСчет        =Договор.БанковскийСчет;
    ДокЗ.Статус                =Перечисления.СтатусыЗаказовКлиентов.КОтгрузке;
    ДокЗ.СкидкиРассчитаны    =Истина;
Как вычислить НалогообложениеНДС в зависимости от организации?

ПараметрыЗаполнения = Документы.ЗаказКлиента.ПараметрыЗаполненияНалогообложенияНДСПродажи(ДокЗ);
    УчетНДСУП.ЗаполнитьНалогообложениеНДСПродажи(ДокЗ.НалогообложениеНДС,ПараметрыЗаполнения,);

Вдруг кому нужно

А причём тут организация? Настройки по налогообложению НДС указываются в договоре насколько я помню..

(3) Если там пусто, отрабатывает проверка по орг