в ЗУПе договор ГПХ у сотрудника , начало прошло в 1ом  СЗВ-ТД
а во втором СЗВ ТД  (по окончанию договора ) прошло и начало и окончание . (т.е. получилось, что начало отправили два раза)
пенсионный думает , что это два договора и просит исправить.
как сделать средствами зупа - не пойму.
пробовал делать через отмена в регистрации ТД , но он отменяет обе части

Проще всего в файле удалить лишнее. Но если приспичило именно через ЗУП, то:
1. Зайти в ЭТК, поставить СЗВ-ТД_2 в работе, отменить проведение.
2. Зайти в приказ об увольнении и распровести.
3. Зайти в СЗВ-ТД_2 и перезаполнить. Будет только приём. Провести.
4. Сделать отмену. Выгрузить файл.
5. После всего заново провести увольнение.

(1) у нас договор ГПХ , но смысл понятен -спасибо

(0) "пробовал делать через отмена в регистрации ТД , но он отменяет обе части"

И правильно. Обе отменяете, новую подаете (одну). И создаете ее тоже через регистрацию ТД.
А товарищ Остер вам сейчас насоветует... замучаетесь потом переделывать.