НЗ = РегистрыСведений.ИмяРегистра.СоздатьНаборЗаписей();
НЗ.Записать();

Проходит в отладчике за долю секунды и ничего не делает.

Он очищается.

(1) остаются все строки, когда открываешь форму списка

(2) Значит Вы не фиксируете транзакцию или творите другую дичь.

Регистр независимый? Как называется регистр и какая структура регистра?  Зачем его очищать целиком?:

Вот полный код процедуры

&НаСервере
Процедура ОчиститьВсеНаСервере()
    НЗ = РегистрыСведений.ДополнительныеДанныеНоменклатуры.СоздатьНаборЗаписей();
    НЗ.Записать();
КонецПроцедуры

(5) Вы не ответили на вопросы.

Три измерения, у всех основной отбор, у двоих тип справочник, у одного строка(45) есть еще ресурсы и реквизиты

Добавьте Сообщить() до и после, чтобы убедиться, что Ваш код выполняется.

Почистите кэш.

Посмотрите журнал регистрации, что происходит.

Регистр независимый

На копии очистило.. Походу ТИИ нужно делать

Это что ж нужно было такое сделать, чтобы сломать регистр сведений....

(11) Да просто запускал код в одной базе, а смотрел в другую. Бывает...

Наверное так и было. Запустил еще, очистило. Действительно несколько баз открыто было.

(13) Если так перепутать регистр и базу, то можно обрушить работу предприятия. Например, можно снести регистр прав пользователей.

не реклама, но вот хорошая идея для визуального разделения копий баз от рабочих
https://infostart.ru/public/1661803/
если копия в другом цвете, уже сложнее запустить что-то "не там"