Есть база, типовая...

Пользователям нужно примерно 5% от всего доступного им функционала, нужно часть меню просто скрыть (не убрать по правам а просто скрыть из меню) кто знает как?

(0) Без программирования? -)

(0) Редактируйте командный интерфейс. По ролям. Сами объекты из ролей не уйдут.

(1) нужна внешняя обработка с кнопкой "Настроить"
(2) конфа типовая, редактировать ее не вариант...

нужно действие который устанавливает ПОЛЬЗОВАТЕЛЬСКУЮ (для конкретного пользователя) настройку видимости команды, аналогично интерактивному действию "Настройка действий" >>> "Удалить"

(3) https://wonderland.v8.1c.ru/blog/razvitie-interfeysa-taksi-v-versii-8-3-4/?sphrase_id=601606

(4) спасибо, вроде то, что надо

(5) чем это поможет? Настройки панелей навигации/действий/разделов хранятся в объекте типа НастройкиКомандногоИнтерфейса, у которого ни свойств, ни методов. Только ковырять формат внутреннего представления.