Вариант 1

Если А Тогда
	Если Б Тогда
		...
	КонецЕсли;
	Если С Тогда
		...
	КонецЕсли;
Иначе
	Если Д Тогда
		...
	КонецЕсли;
КонецЕсли;

Вариант 2

Если А и Б Тогда
	...
КонецЕсли;
Если А и С Тогда
	...
КонецЕсли;
Если НЕ А Тогда
	Если Д Тогда
		...
	КонецЕсли;
КонецЕсли;

(0) Разница непринципиальна.

1-й лучше

(0) Одинаково легко. Тренируйте кратковременную память, тогда и вопросов таких возникать не будет.
Ваш вопрос странный. Кому должно быть легче читать? Интерпретатору? Ему пофиг. Настоящему программисту? Ему тоже пофиг. Непрограммисту? Так и ему пофиг! Но уже совсем по другой причине, он ни первое, ни второе не поймет. Начинающему программисту? А зачем ему делать легче? Пусть читает что посложнее и тренирует кратковременную память

Пытаюсь понять почему эта самая сложность считается именно так:

void myMethod () {
    try {
        if (condition1) { // +1
            for (int i = 0; i < 10; i++) { // +2 (nesting=1)
            while (condition2) { … } // +3 (nesting=2)
            }
        }
    } catch (ExcepType1 | ExcepType2 e) { // +1
    if (condition2) { … } // +2 (nesting=1)
    }
} // Cognitive Complexity 9

(3) Дурацкий подход. Процедуры в 1000 строк кода и запросы на 20 экранов не улучшают удобство разработки.

Но во втором логичнее же
Если Не А и Д тогда

КонецЕсли;

(0) упрощенно:

Если А Тогда
    Действие1();
Иначе
    Действие2();
КонецЕсли;

внутри методов свои одноуровневые условия

(4) Из текста непонятно? Там же все расписано +1,+2,+3

(5) Смотря что считать удобством. За разбор одного запроса на 20 экранов с заказчика можно взять очень много денег. И это удобно. Разве нет? )))

(9) а заказчику не пофиг, вы 20 экранов запроса разобрали или 1 строку? откуда он узнает?

Если А И Б Тогда
    ...
ИначеЕсли А И С Тогда
    ...
ИначеЕсли Д Тогда
    ...
КонецЕсли;

Если А И Б Тогда
    ...
ИначеЕсли А И С Тогда
    ...
ИначеЕсли не А и Д Тогда
    ...
КонецЕсли;

(12) Я за этот вариант

(11) чем с ИначеЕсли лучше?

(7) +1

(14)

Тем что легко и просто исчезает малейшая иллюзия (просто при чтении), что какие-то действия могут быть выполнены несколько раз.
В вариант1 и вариант2 это придется анализировать и помнить.

(12) норм

А разве во втором варианте не будет тратиться время на постоянное вычисление чему равно А

(10) Из выставленного счета, Ватсон!

(18) можно вычислить один раз и загнать в переменную

(12) Стоп. А как же вариант, когда А Б С истина и должны выполниться 1 и 2 условие последовательно?

(0) я подсел на такое:
загнать в функцию/процедуру

Если А Тогда

    Если Б Тогда
    ...
        Возврат;
    КонецЕсли;

   //Если С
   ...
   Возврат;

КонецЕсли;

Если Д Тогда
    ...
КонецЕсли;


но если выбирать из 1 и 2, то 2, ибо большие "если" на 1-2 страницы меня напрягают, а если еще туда добавить "иначе"

Однозначно

от ситуации зависит и от условий.
иногда они логически связаны из контекста
иногда нужно просто перебрать все варианты по если иначе
иногда нас действительно интересует лишь пара сочетаний и одно невыполнение, на все остальное плевать.

в общем объединять условия имеет смысл только если именно их совместное выполнение несет какую то смысловую нагрузку.

Если ЭтоРабочаяБаза Тогда
  Если а Тогда
    ...
  Иначе
    ...
  КонецЕсли;
Иначе // копия
  Если б Тогда
    ..
  КонецЕсли;
КонецЕсли;

вот тут объединять ничего не нужно - условие проверки рабочая база или нет никак не связано с бизнес логикой.