Контрагенты - для хранения регламентированной информации по сторонним юридическим лицам, с которыми вступает в отношения наша организация,
Партнеры - для хранения информации о контрагентах управленческого характера (например, организационная структура).
Инструкция по созданию партнеров и контрагентов в УТ 11
https://www.coderstar.ru/kurs-ut11/sozdanie-partnerov