Такая же беда на 8.3.22.1923. При этом на платформе 8.3.18.1957 команды отображаются. Права у пользователя на команды есть.
Это баг платформы и описан ранее
Пропала команда документа, добавленная в расширении...
Пришлось перенести из команд в программное добавление на формы в ПриСозданииНаСервере()